GPT-4b微调能助力科研突破吗?山中因子重编程,效率提升几何?
AI技术在医疗领域的应用已经不是新鲜事,但它的潜力远未被完全释放。最近,OpenAI与生物科技初创公司Retro Bio的合作引发业内广泛关注。他们联合研发的GPT-4b micro模型,成功设计出新型山中因子变体,这项突破性进展或将改变干细胞重编程的效率。
山中因子是日本科学家山中伸弥在2006年提出的蛋白质组合,包含Oct4、Sox2、Klf4和c-Myc四种因子,被称作OSKM。这些因子能将皮肤细胞转变为具有多能性的干细胞,为器官再生和细胞替代治疗提供了理论基础。然而,传统方法存在重编程效率低、耗时长的问题,实验室中仅有不到1%的细胞能完成转化过程,这严重制约了其在临床和科研中的应用。
OpenAI与Retro Bio团队通过GPT-4b micro模型,成功将山中因子的重编程效率提升50倍。这项技术突破源自双方一年前的合作,期间Sam Altman个人投资1.8亿美元支持Retro Bio发展。尽管模型未公开具体参数,但其训练方法和生物学数据集的创新性已引发行业讨论。
山中因子的重编程难题在于蛋白质序列优化的复杂性。SOX2和KLF4作为核心因子,各自含有317和513个氨基酸,可能的变体数量达到10^1000级。传统定向进化筛选技术每次仅能对少量残基进行突变,探索空间极其有限。Retro Bio团队搭建的湿实验室筛选平台,通过手动设计基线序列进行验证,为后续AI优化提供了基准数据。
AI设计新变体突破瓶颈
研究团队要求GPT-4b micro生成多样化RetroSOX序列,结果发现超过30%的模型提出序列在表达关键多能性标记物方面优于野生型SOX2。传统方法的命中率通常低于10%,这显示出AI在蛋白质设计中的显著优势。对于KLF4的优化同样取得突破,14种变体表现优于RetroSOX筛选的最佳组合,命中率接近50%。
将最优RetroSOX和RetroKLF组合后,实验数据显示成纤维细胞早期和晚期标志物均显著增加,晚期标志物出现时间比传统方法提前数天。第10天AP染色验证显示,这些变体不仅表达晚期多能性标记,还表现出强劲的AP活性,这是多能性的重要指标。
递送方式验证与临床潜力
研究者采用mRNA替代病毒载体,以及间充质基质细胞(MSC)进行验证。结果显示,7天内超过30%的细胞开始表达关键多能性标志物,第12天出现大量形态类似iPSC的细胞集落。这些细胞中有85%激活了关键干细胞标志物的内源性表达,包括OCT4、NANOG、SOX2和TRA-1-60。
进一步验证表明,这些RetroFactor衍生的iPSC能分化为所有三个原始胚层,且基因组稳定性适合细胞治疗。这项成果不仅证明了工程化变体的稳健性,还为不同递送方式和细胞类型的iPSC生成提供了实证依据。
DNA损伤修复表现更优
在DNA损伤修复试验中,使用RetroSOX/KLF混合物处理的细胞表现出低于标准OSKM的γ-H2AX强度,这表明新变体在减少双链断裂方面更具优势。这一发现为干细胞重编程的临床应用提供了更安全的保障。
未来展望
OpenAI的这项研究证明,专业领域模型能显著加速科学问题的突破。研究合作负责人Boris Power指出,当研究人员将领域知识与语言模型结合,原本需要数年解决的问题可能在数天内取得进展。这项技术革新为干细胞研究开辟了新路径,同时也为AI在生物医学领域的应用树立了标杆。