单细胞大模型,科研难题能迎刃而解吗?DeepSeek细胞版,对你的研究有何帮助?

2025-10-20 10:15:49 作者:Vali编辑部

最近,一个纯国产的单细胞基础大模型在业内引起了广泛关注。这项突破性成果由中山大学杨跃东教授团队联合重庆大学、华为和新格元生物科技共同完成,研究成果发表在《自然·通讯》期刊上。这项技术不仅标志着我国在生命科学与智能计算融合领域迈出了重要一步,也为单细胞组学研究提供了全新工具。

从技术角度看,CellFM模型整合了超过1亿个人类单细胞数据,构建了8亿参数的深度学习框架。这种规模的模型在生物表征学习和跨数据集泛化能力方面实现了重大突破,成为目前全球最大的单细胞基础大模型。团队在训练过程中充分利用了国家超算广州中心“天河星逸”超算系统和华为国产芯片,成功实现了模型的高效训练与优化。

这项成果的意义在于,它为通用型单细胞基础模型的开发提供了新范式。研究团队表示,将公开CellFM的代码和预训练模型,这为研究者提供了统一的技术框架。杨跃东教授作为中山大学计算机学院教授、国家超算广州中心总工程师,长期从事多尺度生物信息计算方法研究,其团队在生物医药超算平台开发方面积累了丰富经验。

单细胞测序技术能够以前所未有的精度解析每个细胞的基因表达特征,但当前数据分析仍面临诸多挑战。传统方法在数据噪声、批次效应和数据稀疏性等方面存在明显短板,需要建立统一的细胞状态表征模型。杨跃东团队通过整合公开的人类单细胞转录组数据,经过筛选、清洗和标准化处理,构建了当前最大规模的高质量训练数据集。这种数据处理方式为模型训练打下了坚实基础。

在模型开发方面,团队创新性地采用8亿参数的架构,其规模是当前单一物种大模型的8倍。这种设计使得CellFM能够处理更复杂的数据关系,提升模型的泛化能力。实验数据显示,CellFM在细胞注释、扰动预测和基因功能预测等关键任务中表现优于现有模型,为单细胞组学研究提供了更强大的工具。

在应用场景方面,CellFM展现出显著优势。基因功能预测作为生命科学研究的基础,其精准性和效率直接影响疾病机制解析和药物靶点发现。通过虚拟预测,CellFM能够在短时间内锁定功能靶点,构建起“计算先行、实验验证”的AI for Science新范式。在三种二分类任务中,CellFM的准确率均位列第一,显示出其在基因功能解析方面的突出表现。

扰动响应预测是精准药物研发的关键环节。CellFM能够模拟细胞对基因敲除、过表达或药物处理的响应,快速筛选潜在的药物作用或基因调控结果。在Adamson和Norman数据集上,CellFM的差异基因变化相关系数表现最优,这为药物靶点发现提供了更可靠的技术支持。

细胞类型注释是单细胞测序分析的关键环节。CellFM能够对新样本进行高精度注释,显著降低人工标注成本。在同批次和跨批次数据中,其注释准确率均领先其他模型。这种能力对于疾病异质性解析和药物筛选具有重要价值,能够帮助研究人员快速识别关键响应细胞群。

从技术实现看,CellFM的开发充分利用了国产芯片的优势。团队采用华为MindSpore AI框架,使用四台Altas800服务器进行训练,每台配备8个Ascend910 NPU。这种硬件配置不仅保障了模型训练的效率,也体现了国产算力在复杂模型训练中的应用潜力。

在实际应用中,CellFM展现出多方面的技术优势。它能够有效应对数据批次效应,保障结果的一致性。这种稳定性对于候选靶点验证具有重要意义,能够提升研究的可靠性和效率。随着技术的不断完善,CellFM有望在更多领域发挥作用,推动生命科学与智能计算的深度融合。

这项成果的意义远不止于技术突破。作为国产芯片训练大模型的典型案例,CellFM展示了我国在生物智能计算领域的研究实力。它为精准医疗和药物研发提供了智能化新引擎,未来有望在肿瘤微环境分析、免疫细胞状态研究等领域发挥更大作用。随着单细胞大模型的不断发展,我们有理由期待更多创新成果的涌现。

从行业角度看,CellFM的出现标志着单细胞组学研究进入新阶段。它不仅能够快速筛选疾病特异性细胞亚群中的关键基因,还能模拟人体生理系统反应,预测不同治疗手段的效果。这种能力将有效降低药物开发成本,减少临床试验失败风险。随着更多研究者的加入,这项技术有望在更广泛的领域发挥作用,为生命科学领域带来新的发展机遇。